「抗酸菌病（結核と癩）の予防及び治療に関する学理並びにその応用を研究する」ことを目的として1941年に東北帝国大学に抗酸菌病研究所（熊谷岱蔵初代所長）が創設されました。
　当教室は、1950年に抗酸菌病研究所外科学部門（抗研外科）として発足しました。
　初代教授は、鈴木千賀志先生です。鈴木先生は、これを遡ること6年前に助教授として着任されていたので、戦中より呼吸器外科学の診療と研究が開始されていた事になります。鈴木千賀志教授着任当初の主な対象疾患は研究所の名称の通り肺結核であり、胸郭成形術に代表される結核の手術が多数行われました。また、日本で最も早い時期に全身麻酔が導入され、肺結核ならびに肺癌に対する肺切除術が開始されました。鈴木先生は、肺切除術の確立に血のにじむような努力をされました。
　2代目の仲田　祐教授（1974年着任）は、肺癌検診（宮城方式）、肺癌の手術手技、機能的肺切除適応評価法の確立などに大きな業績を残しました。特に、仲田教授と新田澄郎助教授（後に東京女子医科大学教授）が開発した一側肺動脈性閉塞試験は、機能的に肺切除術が可能かどうかの境界領域にある症例においてゴールドスタンダードとされる検査法となりました。
　３代目の藤村教授（1989年着任）は1960年代から肺移植の基礎的研究に取り組み、世界トップクラスの業績を残しました。また、東北地方を中心とする多数の基幹施設に呼吸器外科医が派遣され、現在15施設を数えるまでになった関連施設のネットワークが確立されました。2000年３月29日に日本で最初の脳死肺移植が加齢医学研究所附属病院で行われました。
　4代目の近藤　丘教授（2000年着任）は、藤村教授とともに肺移植の基礎研究で大きな業績を残し、特に基礎研究によって開発された細胞外液類似組成液（Ep4液）は、現在EP-TU液として臨床応用され良好な成績が得られています。2000年に加齢学研究所附属病院と医学部附属病院が統合されて東北大学病院が誕生し、以後の診療は、東北大学病院呼吸器外科として行うようになりました。上記の如く2000年に開始された臨床肺移植は、近藤教授退職の2015年3月までに83例となり、5年生存率も70％以上と世界的にみても非常に良好な成績が得られています。
　2015年4月に5代目教授として岡田克典教授が就任しました。